一、亂流式：
空氣由空調箱經風管與潔淨室內之空氣過濾器(HEPA)進入潔淨室，並由潔淨室兩側隔間牆板或高架地板回風。氣流非直線型運動而呈不規則之亂流或渦流狀態。此型式適用於潔淨室等級1,000-100,000級。 
優點：構造簡單、係統建造成本，潔淨室之擴充比較容易，在某些特殊用途場所，可並用無塵工作台，提高潔淨室等級。 
缺點：亂流造成的微塵粒子於室內空間飄浮不易排出，易汙染製程產品。另外若係統停止運轉再激活，欲達需求之潔淨度，往往須耗時相當長一段時間。 
二、層流式： 
層流式空氣氣流運動成一均勻之直線形，空氣由覆蓋率100%之過濾器進入室內，並由高架地板或兩側隔牆板回風，此型式適用於潔淨室等級需定較高之環境使用，一般其潔淨室等級為Class 1~100。其型式可分為二種： 
1、水平層流式：水平式空氣自過濾器單方向吹出，由對邊牆壁之回風係統回風，塵埃隨風向排出室外，一般在下流側汙染較嚴重。 
優點：構造簡單，運轉後短時間內即可變成穩定。 
缺點：建造費用比亂流式高，室內空間不易擴充。 
2、垂直層流式：房間天花板完全以ULPA過濾器覆蓋，空氣由上往下吹，可得較高之潔淨度，在製程中或工作人員所產生的塵埃可快速排出室外而不會影響其它工作區域。 
優點：管理容易，運轉開始短時間內即可達穩定狀態，不易為作業狀態或作業人員所影響。 
缺點：構造費用較高，彈性運用空間困難，天花板之吊架相當占空間，維修更換過濾器較麻煩。 
三、複合式： 
複合式為將亂流式及層流式予以複合或並用，可提供局部超潔淨之空氣。